La Cour est composée de cinq juges indépendants choisis parmi des personnalités de haute moralité, ressortissants des États membres de la CEDEAO, possédant les qualifications requises pour être nommés à la Cour suprême ou à la plus haute fonction judiciaire, ou des jurisconsultes possédant une compétence reconnue en droit international, en particulier en droit communautaire ou en droit de l’intégration régionale. En outre, ils doivent avoir au moins vingt ans d’expérience professionnelle. Ils ont un mandat de quatre ans non renouvelable. Les juges ou les membres de la Cour ne peuvent être considérés comme des représentants de leurs gouvernements ou des gouvernements des autres États membres de la CEDEAO.

Les juges ne peuvent être astreints dans l’exercice de leurs fonctions par aucun État membre ou institution de la CEDEAO. En outre, ils ne peuvent faire l’objet d’injonction par des parties prenantes de la Communauté. Ils rendent leurs décisions en toute impartialité et indépendance. C’est cette indépendance fonctionnelle de la Cour qui lui permet de jouer un rôle fondamental dans le règlement des conflits entre les acteurs de la Communauté.

Le Conseil judiciaire de la Communauté est responsable du recrutement et de la discipline des juges de la Cour de justice. Le Conseil judiciaire présélectionne et interviewe les candidats au poste de juge de la Cour de justice et recommande les candidats retenus à la Conférence pour nomination.

Le nombre de juges est passé de sept à cinq en 2018.

Les sept premiers juges de la Cour ont prêté serment le 30 janvier 2001 à Bamako (Mali) dix ans après l’adoption du Protocole de 1991 relatif à la Cour entré en vigueur le 5 novembre 1996.